一般的なPoly(A)+ RNA selection/enrichment法では、RNAの分解の程度と目的遺伝子産物の大きさによって 、mRNAの5’末端側の配列が取得できず、転写産物の全長トランスクリプトーム解析ができない場合を経験する。臨床的な検体からのRNAの場合には、この問題は深刻である。特に微量なRNAの解析の場合、rRNAなどを除去して残されたRNAに更にハイブリダイゼーションキャプチャー法を組み合わせて解析することで、低コストで目的を達成することも多い。

今回、Twist RNA Library Prep with DepletionキットとTwist社のハイブリキャプチャーを組み合わせて実施することで、次世代シーケンシングのリード数を抑えながら効率よく微量なターゲットRNAの解析が実施できた。特に全血由来のRNAの場合には、このキットを用いることで、赤血球由来のグロビンmRNAの除去も可能となる。様々な状態のRNA検体から、低コストに低発現遺伝子のターゲットRNA解析をパイプライン化して実施できるのは、この技術に慣れない研究者のみならず、臨床研究にとっても間違いなく朗報であろう。

公益財団法人かずさDNA研究所 ゲノム事業推進部 副所長 兼 部長 小原收

非侵襲的なcell-free RNA分析を次世代シーケンシングで網羅的に行う場合、cfRNA量が限られるため、mRNA全体像を解析する上での課題となっている。

今回、Twist RNA Library Prep キットとTwist RNA Exome（captureベイト）を組み合わせることで、微量のcfRNAからシーケンシングライブラリを作製でき、コーディング遺伝子の検出力の高いcfRNA解析が可能であることがわかった。再現性などの観点から、必要cfRNA量の基礎検討を進めることで、2〜20ngの微量cfRNAを用いてトランスクリプトーム解析を進めることが出来ると期待される。

国立成育医療研究センター 周産期病態研究部 周産期ゲノミクス研究室 室長 中林一彦